Venezia stringe una alleanza con il pontefice nel segreto intento di impedire che si formi uno stato forte nella sua prossima terraferma. Questo e l'aggravarsi della situazione interna per la riscossa dei guelfi indusse l'imperatore Federico II, sollecitato da Ezzelino, a venire a Padova nel cuore stesso della signoria dei da Romano. Ezzelino, mentre si addensavano all'orizzonte fosche nubi per l'impero, diventava per Federico sempre più indispensabile. L'imperatore fece il suo solenne ingresso in Padova il 25 gennaio 1239. Rolandino descrive così l'incontro: “Incontro a lui, partito da Vicenza con numeroso e splendido corteo di cremonesi fedeli e di soldati d'ogni nazione - tedeschi, pugliesi, saraceni, greci - mossero per 5 miglia, fino ad ARLESEGA (dove si svolse la cerimonia, n.d.r.), Ezzelino e i Padovani, cavalieri e pedoni, con musiche di vari strumenti e il Carroccio riccamente addobbato, e donne di prestante bellezza, rifulgenti di vesti preziose, sopra adorni palafreni. Federico II, avviandosi verso la città turrita, ad Ezzelino che gli cavalcava al fianco poteva dire: Se numquam vidisse citra vel eciam ultra mare nec in aliqua parte mundi sic communiter gentem egregiam, bonis moribus adeo insignitam, sic utique curialem vel providam usquequaque (tr. di non aver mai visto insieme di qua o anche di là del mare né in alcuna parte del mondo gente così straordinaria, fino a quel punto distinta per i buoni costumi, senz’altro così amabile o sagace in ogni occasione).

Allorquando si avanzò Iacopino Testa, uno dei "popolari" e gli offrì reverente la seta del vessillo pendente dall'antenna del Carroccio, pronunciando le parole: "Questo ti presenta, potentissimo Sire, il tuo Comune di Padova, perché per mezzo tuo si conservi la città nella giustizia", fu visto l'imperatore accogliere lietamente le parole e il vessillo. Federico II discese in quel giorno all'episcopio presso il Vescovo Jacopo Corrado; l'indomani si trasferì nel monastero di S. Giustina, dove rimase per circa due mesi. Andava egli cavalcando per la campagna o alla caccia col falcone (ipsum namque plurimum haec et similia solacia delectabant – ed infatti questi e simili divertimenti gli piacevano moltissimo): talvolta recandosi nella vicina Noventa, dove dimorava la sua terza moglie Isabella, sorella di Enrico III d'Inghilterra, che teneva gelosamente sorvegliata dai suoi eunuchi africani, mentr'egli folleggiava o con Bianca Lancia, sorella di Manfredi (d’Este), o con le fanciulle che aveva condotto seco dal suo harem di Lucera.